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生物顯微鏡應放置在清潔干燥的環境中，防止光學部件發霉、金屬部分生銹或粘滿灰塵。顯微鏡使用結束后，請立刻放回箱內，或用玻璃罩、塑料套套住，并放入干操劑。
河南生物顯微鏡廠家提醒大家請勿隨意自行拆卸各部件;鏡筒要插上接目鏡或益上鐐苗蓋，防止灰塵從鏡筒上部進入;透鏡表面不應用手指接觸或拭擦，若有灰塵，可用先用柔軟毛筆輕輕拭去，再用柔軟的清潔細布拭拭，也可用擦鏡紙蘸少許二甲苯或石油迷擦拭，但注意不應在透鏡表面劃出條紋。如果鏡片有輕微長霉，用紙擦不去時，可用棉簽蘸少許70%乙醇與30%乙迷混合液輕輕擦拭。
生物顯微鏡不能和腐蝕性酸類、減類或揮發性強的化學藥品接觸，避免被腐蝕，縮短使用年限。原則上，當觀察含液體的標本時，通常都要蓋上蓋玻片;如果液體中含有酸、堿等腐蝕性化學物質時，要把蓋玻片的四周用石蠟或凡士林封住，然后再觀察。但因為進行中藥顯微鑒定時，經常要用到這一類試劑，不可能做到都封固，所要尤其小心，避免液體流到載物臺上，更不能沾到物鏡上。
生物顯微鏡不能在直射陽光下暴曬，更不要放在靠近爐子或暖氣的地方，以防止劇烈的冷熱溫度變化引起透鏡和機件的脫膠、變形或損壞。
清潔接物鏡只限于外表面。接物面被藥品污染后立即用擦鏡紙蘸少許擦鏡液拭擦;若背面需清潔時，可用柔軟毛筆拂拭，或用皮吸頭吸去灰塵。
河南生物顯微鏡廠家表示使用油鏡后，須將鏡頭上的香柏油拭探干凈（注意二甲苯不能滲入鏡頭內部，以免二甲苯溶解透鏡之間的粘合劑，可使鏡片脫落）。
加機械部分不靈活的情況可用細綢布蘸二甲苯少鈞：拭去銹和油膩，再用少許液體石服潤滑;旋扭過緊時不要強行扭動，避免損壞儀器。
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